Osmanlı tarihindeki ıslahat hareketleri, çoğu zaman geleneksel yapıların direnişiyle karşılaşmıştır. Bu direnişin en sert ve sonuçları itibarıyla en belirleyici örneklerinden biri, Kabakçı Mustafa İsyanı'dır. 1807 yılında patlak veren bu isyan, Sultan III. Selim'in modernleşme projesi Nizam-ı Cedit'i (Yeni Düzen) fiilen sona erdirmiş ve imparatorluğun siyasi rotasını değiştirmiştir.
III. Selim, tahta çıktığında Osmanlı Devleti'nin askeri ve idari açıdan ciddi bir çöküş içinde olduğunu görmüştü. Kaybedilen savaşlar ve topraklar, köklü bir reformu zorunlu kılıyordu. Bu doğrultuda;
Ancak bu reformlar, başta Yeniçeri Ocağı, ulema sınıfı ve reformlardan zarar gören âyânlar olmak üzere geniş bir muhalefet cephesi yarattı. Yeniçeriler, ayrıcalıklarını ve güçlerini kaybetmekten korkuyordu.
Küçük bir kıvılcımla başlayan isyan, hızla kontrol edilemez bir hal aldı:
İsyan karşısında etkisiz kalan III. Selim, kan dökülmesini önlemek amacıyla isyancıların taleplerini kabul etmek zorunda kaldı. Nizam-ı Cedit ordusu dağıtıldı, reformcu devlet adamları azledildi. Ancak bu da yatıştırıcı olmadı. İsyancılar ve muhalefet, nihai hedefleri olan III. Selim'in tahttan indirilmesi için harekete geçti.
29 Mayıs 1807'de şeyhülislamdan alınan fetva ile III. Selim hal'edildi ve yerine IV. Mustafa tahta çıkarıldı. Kabakçı Mustafa, yeni padişah tarafından "turnacıbaşı" rütbesiyle ödüllendirilerek isyanın sembolik lideri haline geldi.
İsyan, III. Selim'in 18 yıllık reform çabalarını bir anda sildi süpürdü. Osmanlı modernleşmesi yaklaşık 15 yıl geriye atıldı ve statüko güçleri zafer kazandı.
İsyanın lideri Kabakçı Mustafa, 1808 yılında, III. Selim'i tekrar tahta çıkarmayı planlayan Alemdar Mustafa Paşa tarafından yakalanarak idam edildi. Ancak Alemdar'ın İstanbul'a gelişi, bu kez IV. Mustafa yanlılarının III. Selim'i öldürmesiyle sonuçlandı.
Alemdar Mustafa Paşa'nın, merkezi otoriteyi sağlamak için âyanlarla yaptığı anlaşma olan Sened-i İttifak (1808), bu kaotik ortamın bir ürünüdür. Padişahın mutlak otoritesini sınırlayan ilk belge olarak tarihe geçmiştir.
Kabakçı Mustafa İsyanı, II. Mahmud'a önemli bir ders oldu. O, reformları (özellikle de Vaka-i Hayriye ile Yeniçeri Ocağı'nı kaldırmayı) çok daha ihtiyatlı, hazırlıklı ve kesin bir şekilde hayata geçirecekti.
Kabakçı Mustafa İsyanı, Osmanlı tarihinde bir gericilik hareketi olmanın ötesinde, köklü bir değişime karşı organize olmuş çıkar gruplarının direnişini simgeler. III. Selim'in "ıslahatçı padişah" kimliğiyle tahttan indirilmesi, reform yapmanın ne denli riskli olduğunu gösterdi. Bu olay, Osmanlı modernleşmesinin inişli çıkışlı seyrinde bir dönüm noktası ve 19. yüzyıl siyasi krizlerinin habercisi olarak değerlendirilmelidir.
